"Prince of Persia" diawali dengan serangan yang dilakukan oleh tentara Persia ke negeri suci Alamut, yang dipimpin seorang puteri bernama Tamina (Gemma Arterton) yang sangat cantik.
Penyerangan oleh tentara Persia dilakukan oleh tiga orang pangeran yakni Tus (Richard Coyle), Garsiv (Toby Kebbell), dan Dastan (Jake Gyllenhaal).
Tus dan Garsiv merupakan anak kandung raja Sharaman, sedangkan Dastan merupakan anak angkat yang ditemukan oleh raja di jalanan dan berhasil menarik hati orang nomor satu di Persia itu karena keberaniannya.
Karena besar di jalanan, perilaku Dastan lebih urakan dibanding kedua saudaranya, namun dia sangat bertanggung jawab besar untuk menjaga kehormatan kerajaannya.
Meskipun hanya anak angkat, Dastan sangat mencintai kerajaan Persia dan keluarganya.
Penyerangan ke Alamut dilakukan oleh Dastan bersaudara karena mendengar kabar dari sang paman atau adik raja Sharaman, bernama Nizam (Sir Ben Kingsley) bahwa negeri suci itu membantu pasokan senjata untuk musuh-musuh Persia.
Akhirnya, dalam waktu singkat, Alamut berhasil ditaklukkan oleh tentara Persia yang memang terkenal selalu menang dalam peperangan dan pangeran Dastan menemukan sebuah belati istimewa.
Raja Sharaman yang mendengar ketiga anaknya menyerang kerajaan Alamut sangat murka, ia berprinsip negeri suci itu harus dilindungi.
Namun, karena mendengar berbagai pertimbangan dari ketiga puteranya dan adiknya Nizam mengenai alasan penyerangan ke Alamut, maka raja mengalah meskipun tetap kecewa.
Dalam pesta perayaan kemenangan Persia, Dastan atas usul Tus dan Nizam memberikan sang raja jubah suci yang didatangkan dari Alamut.
Bahkan, jubah tersebut juga telah dipersiapkan oleh Tus dan Nizam, sehingga Dastan hanya tinggal memberikannya saja pada sang raja.
Siapa sangka, jubah tersebut mengandung racun sehingga sang raja yang baru sebentar mengenakan baju kebesaran hadiah dari Dastan itu tewas seketika.
Hal itu menyebabkan Dastan diburu dan terancam dihukum mati, karena dianggap membunuh raja. Dastan yang merasa tidak bersalah karena menerima jubah tersebut dari Tus dan Nizam melarikan diri.
Dalam pelariannya, Tamina ikut mendampingi Dastan, karena tanpa sepengetahuan Dastan sang puteri cantik ingin merebut kembali belati istimewa yang berhasil ditemukan Dastan.
Selama beberapa hari melarikan diri, dan mencoba mengungkap kebenaran, Dastan menemukan kenyataan bahwa ternyata, sang paman, Nizam merupakan orang yang paling bertanggung jawab atas segala insiden.
Nizam merekayasa semua hal, karena ingin merebut belati istimewa yang berhasil ditemukan Dastan di negeri suci Alamut.
Ternyata belati tersebut memiliki kekuatan untuk membuka wadah pasir waktu, pasir yang bisa mengembalikan waktu ke masa lampau.
Akhirnya, Dastan dan Tamia terlibat dalam perang dan petualangan yang memikat demi menyelamatkan belati dan menjaganya dari tangan orang yang tidak bertanggung jawab.
Di negeri Alamut ada kepercayaan jika belati tersebut jatuh ke tangan orang jahat, masa waktu bisa diputarbalikkan sesukanya dan dewa-dewa di langit akan murka sehinga bias menimbulkan bencana besar yang mengamcam manusia.
